Le 23 septembre 2020, Juan Micha Obiang Bicogo a été nommé par la Fédération équato-guinéenne de football (FEGUIFUT) pour revenir entraîner l'équipe nationale U-17. Le 29 octobre 2020, comme la Guinée équatoriale n'avait pas d'entraîneur officiel de l'équipe senior à cette époque, il a été convoqué par le président de la FEGUIFUT, Gustavo Ndong, pour participer (avec Casto Nopo) aux deux prochains matchs contre la Libye en novembre. Le Nzalang Nacional ayant remporté les deux matchs, la FEGUIFUT lui a demandé de rester sur le banc, mais il voulait d'abord signer un contrat.

Le 23 mars 2021, Micha a officiellement signé un contrat d'un an pour être le prochain entraîneur-chef de la Guinée équatoriale. Deux jours plus tard, son équipe bat la Tanzanie et se qualifie pour la Coupe d'Afrique des Nations 2021.